如何阅读大量的学术论文, 而不发疯？

使用 R 输出格式化的 Excel

Oct 10, 2019

how to do? createStyle location the data frame to write df <- res_after_filter_2019_smiles Create a new workbook wb <- createWorkbook("hello_excel") Add a worksheets addWorksheet(wb, "sheet01", gridLines = FALSE) write data to worksheet 1 writeData(wb, sheet = 1, df, rowNames = FALSE) create and add a style to the column headers headerStyle <- createStyle( fontSize = 12, fontColour = "#FFFFFF", halign = "center", fgFill = "#4F81BD", border = "TopBottom", borderColour = "#4F81BD" ) addStyle( wb, sheet = 1, headerStyle, rows = 1, cols = 1:ncol(df), gridExpand = TRUE ) style for body bodyStyle <- createStyle(border = "TopBottom", borderColour = "#4F81BD", fgFill = "#CDEDD0") row_to_color <- df %>% tibble::rowid_to_column(.

如何拟合一条曲线

Oct 10, 2019

简单拟合一个线性模型 states <- as.data.frame(state.x77[,c("Murder", "Population", "Illiteracy", "Income", "Frost")]) fit <- lm(Murder ~ Population + Illiteracy + Income + Frost, data=states) #summary(fit) 线性模型假设的综合验证使用gvlma包中的gvlma函数验证模型的线性假设。gvlma函数由Pena和Slate ( 2006 )编写，能对线性模型假设进行综合验证，同时还能做偏斜度、峰度和异方差性的评价。换句话说，它给模型假设提供了一个单独的综合检验(通过/不通过)。 # Listing 8.8 - Global test of linear model assumptions library(gvlma) gvmodel <- gvlma(fit) summary(gvmodel) ## ## Call: ## lm(formula = Murder ~ Population + Illiteracy + Income + Frost, ## data = states) ## ## Residuals: ## Min 1Q Median 3Q Max ## -4.

努力后的失败，才是诚实的失败

Oct 10, 2019

记得吗？读书时候，我们只崇拜和欣赏无需努力或者看上去不怎么需要努力，就取得好成绩的同学。不够聪明的人才需要全力以赴，聪明的人都轻松上阵。这个由固定型思维衍生和推导出来的观点有多致命？这个观点让固定型思维模式者不愿意努力了。许多人认为需要大量努力是能力低下的表现，他们不愿意自己看起来能力低下。如果他们不努力，他们至少可以找到一个借口:我之所以失败了，我之所以表现不佳，是因为我压根没尽力。努力了，仍然失败了，是固定型思维模式者更大的恐惧。可是努力后的失败，才是诚实的失败。两种思维模式的人，想法和行为有太多不同: 对待挑战，固定型思维模式者只对他们一开始就做得很好的事情，保持兴趣，当开始感到困难的时候，获得的乐趣就骤减，如果这件事不能证明他们有多聪明，他们就无法对其感兴趣，但是呢，成长性思维的人，越有挑战，他就越来劲，越感兴趣，越沉浸其中。固定思维的人不想接受挑战，他们因此错过许多机会，成长思维的人喜欢挑战，即使刚开始磕磕绊绊，但他们会越来越好。关注优胜，会很容易焦虑，但是如果关心的是成长，心态会发生巨大的改变。

蝇王

Oct 10, 2019

You Become A Monster, You Will Not Be Scare A Monster 一群孩子被放到隔绝外界环境的孤岛, (这样的设定有点像实验术语中的控制变量. 作者想要证明人性本恶, 与外界无关, 也就是和其他变量没有关系.) 天真的孩子是如何从文明走向罪恶的过程, 完美的推演了由善像恶的自发过程. 表明人性本恶, 恶就存在人的身体里, 天生就带着恶的属性. 总结起来需要三个自带的条件: 共同的敌人迫切的基础需求主流的裹挟(集体无意思)

如何阅读大量的学术论文, 而不发疯？

Oct 10, 2019

某个宁静的下午, 我带着一个急需解决的问题或者困惑去 Google Scholar 上查阅文献, 但是我在阅读过程中不断点击正在阅读的论文的参考文献链接, 然后继续阅读这些文章的引用论文, 无休无止, 很快我发现我想了解的这个问题所在领域是一个深不可测的海洋, 需要用一生去研究才可能有所作为, 因此很快我变得不知所措, 对阅读论文这件事感到无比焦虑、惶恐, 那么你在做研究时是否碰到类似的问题, 又有什么办法应对这种感觉呢？所以“如何高效阅读论文”对于刚入门的研究人员来说, 是一个永恒的问题数学数学是一篇文献的基本要素之一, 并且是有限的, 学会如何拆解他, 并理解和解释, 这些东西是不变的. 综述阅读综述: 在40-60页的综述文章中, 你通常能够以一种优美、整洁、结构化、条理清晰的方式获取100-200篇论文中的重要信息。当你阅读了2-3篇最近(过去5年内)的综述论文后, 你会发现三点：总是被引用的论文；其具体工作听起来很酷或很相关的作者；你感兴趣的子领域中相对较新的进展, 以及关于这些主题的值得注意的论文。一旦有了这三点, 那么你就很清楚接下来该读什么, 为什么读, 以及读的顺序了。略读最重要的是, 你要回答一个具体的问题。提出这样一个问题, 可以帮助你在一分钟内确定这篇论文是否包含答案。至少以粗略的方式阅读各种论文是件好事, 因为即使你不了解如何实现这些论文, 你也会知道有这样的方法/想法存在 , 并且当有机会或当它与你的研究相关性很大时, 你可以回过头来深入阅读。将这些论文视为工具箱中的可能有用的工具就行。头脑里的关键字积累是很重要的. 如果你能在5分钟内意识到一篇论文可能不是你现在需要学习的东西, 漂亮！这样你只浪费了5分钟的时间就可以进行下一步操作了。精读随手列出问题清单, 一定要抵制立即查找你遇到的不理解内容的冲动！并在获得答案时写下答案, 仅在读完论文之后, 才去查阅里面的知识点再怎么强调都不为过的是: 一定要确保你在阅读的同时进行输出. 哪怕只是在白纸上写写画画。只要确保将相关的思想联系在一起, 并跟踪这些思想的准确引用即可。对关键概念做一点文献笔记很有必要, 当你为了找到一个准确的引用需要回顾1-3年前读过的论文时, 你会发现将两个关键思想联系在一起很有帮助。慢慢地, 随着你的进步, 你将开始了解更多, 并且由于你已经积累了框架, 很多让你早期感觉困惑的知识点开始变得不言而喻。对于我来说, 很多时候我会浏览论文中的公式。因为人们的写作风格和某些单词背后的含义含糊不清, 但是公式是清晰的。

多标签分类问题

Jun 6, 2019

Difference between multi-class classification & multi-label classification is that in multi-class problems the classes are mutually exclusive, whereas for multi-label problems each label represents a different classification task, but the tasks are somehow related. multi-class classification makes the assumption that each sample is assigned to one and only one label: a fruit can be either an apple or a pear but not both at the same time.

新药研发

Jun 6, 2019

确定致病机制 1. 皇后确诊乳腺癌 2. 药物遍寻均无效 3. 精准医疗项目启动生物信息分析特异化突变基因鉴定蛋白通路与疾病关联性 XYZ蛋白三维晶体结构 XYZ蛋白药物结合口袋突变前后分析先导化合物 1. 计算机辅助药物设计: 在蛋白质三维结构基础上，彻底分析突变后XYZ蛋白结合口袋周围理化性质突变前：小分子包围在疏水口袋，亲水氨基酸R125、E154与其形成氢键铆钉作用，使其牢牢稳固在蛋白质中突变后：疏水环境大致不变，但氨基酸N125、I154(无法形成氢键)造成很大空隙，亲水性转换为疏水口袋，稳定性降低 2. 分子动力学方法分子动力学方法对XYZ蛋白突变后与小分子Hormone间相互作用状况进行了计算模拟分析, 目的:以期得到蛋白质在突变后的小分子结合信息计算中心首席科学家是这么解释分析结果的: 突变后XYZ蛋白Region A区域没有变化，对该部分不做任何修改； Region B区域中，小分子下方出现巨大空洞，需要对该部分进行补漏； Region B区域巨大空袭，在小分子稳定结合时，下方出现由10~13个水分子组成的“水氢键网络体系”； “水氢键网络体系”中，水分子能量Energy（球体大小）和占有率Occupancy（球体颜色）均能表达出蛋白质局部区域理化性质。 > 具体总结：Region B区域绝大多数水分子能量Energy极小、占有率Occupancy较小，说明该区域极为疏水；但其中W1水分子，能量较好、占有率较高，说明W1水分子极为稳定，周围氨基酸为极亲水性氨基酸，将来可以通过替换W1水分子或通过桥键作用对其进行化学修饰 ; ; 3. 基于体内原生激素Hormone的药物设计:化学片段增长设计法首先设计的化学片段，将能够有效的到达W1水分子附近或将其替换掉, 福斯坦国立大学化学院研究团队，共设计母核结构50枚，且均具备有机合成实验方法实现的可能性 ; ; 4. 分子对接方法判定最佳化学母核结构利用分子对接方法，将50枚母核结构分别对接进入突变后蛋白质XYZ结构中，利用分子对接权重值, 判定3枚小分子药物在对接结果中占据较好的权重位置。奥古斯汀·Khan将此结果呈现给，福斯坦国立大学化学院研究团队，经过再三斟酌分析，决定采用C2、C1和C3进行后期化学结构改造 5.

Deep Work

Jun 6, 2019

最近在读卡尔.纽波特的深度工作, 以下是阅读的一点感悟和笔记. 深度工作是 21 世纪的超级力量作者介绍: 卡尔·纽波特，畅销书作家，人气博主，创办了在美国很受欢迎的博客“学习黑客”，破解工作和学习领域的成功模式。关于本书这是一本自我管理类书籍，讲述了在碎片化时代，如何训练大脑排除干扰，提高大脑的深度思维能力，创造更多价值。这本书的英文原版2016年在美国出版，一发行就占据了亚马逊美国网站的职场励志书榜首。几个问题: 在职场中，为什么有些人越忙碌越无法产出有价值的成果？又该如何通过训练大脑排除干扰，提高深度思维能力，创造更多价值？这本书从2个方面解释了大部分人无法进行深度工作的原因，并给出了培养深度工作的4个步骤，分别是: 选择适合自己的深度工作模式将工作内化成习惯像经商一样去执行适当减少整体工作时间遵循这几个步骤进行刻意练习概念介绍深度工作(Deep Work): 在没有干扰的情况下专注的进行职业活动, 使个人的认知能力达到极限, 这种努力能够创造新价值, 提升技能, 而且难以复制. 肤浅工作(shallow work): 对认知要求不高的任务, 在收到干扰的情况下也能进行, 此类工作创造的价值不高, 且容易复制. 深度工作的重要性作者前面花了大量篇幅说明深度工作的重要性, 其中关于注意的论断深以为然. 快速学习复杂的技能, 这能为我们带来价值, 这件事需要深度工作. 但是现实生活中, 网络工具使我们分心, 导致专注能力的下降. 不分心是很难的, 我们都有一种冲动就是, 把自己的注意力转移到肤浅的事物上. 比如, 工作累了或者遇到难题了就要刷刷社交网络, 但是这种行为其实还是在消耗着你的注意力和能量. 你的意志力是有限的, 它在使用的过程中是不断的被消耗的. 而进入深度工作状态是需要意志力能量, 如何使得这个转化过程变得容易使我们应该掌握的技巧. 简而言之, 我们增加深度工作的评率, 而减小转移到肤浅工作的冲动和频率. 我们都有过类似的经历, 打开 word 文档, 准备写论文和报告, 一瞬间脑袋空白, 这时候平时不相干的事情, 突然都变得可爱起来, 比如: 洗完, 扫地, 洗衣服, 收拾房间, 下楼买💊, 总之只要是不是写论文, 什么其他能拖延这件事情的事, 我们都愿意干.

The Hello World Of Neural Network

May 5, 2019

简单来说神经网络和我们一般的编程区别在于: 一个是输入数据和函数规则, 然后得到结果. 而神经网络是输入数据和答案, 通过迭代学习, 神经网络能学习出函数规则.如下图: 举个简单的例子, 这里有两组数据: X: -1, 0, 1, 2, 3, 4 Y: -3, -1, 1, 3, 5, 7 你可以把 x 看做是数据, y 看做是答案, 现在你要做的是找到其中的函数关系, 这个关系能够帮助我们, 用 x 去预测 Y 的值(假设你没有学过解方程组). 最常用的方法就是归纳法, 首先你根据第一对数据猜一个对应关系规则, 拿着这个规则计算答案值, 评估计算的答案和真实答案差多远, 然后在调整你的规则, 继续评估, 直到你的规则能够拟合所有的数据. 这就是神经网络的逻辑过程. 我们来看一个简单的神经网络的例子 1.Import: 加载所需模块 import tensorflow as tf ## /Users/zero/anaconda3/envs/tfdeeplearning/lib/python3.5/importlib/_bootstrap.py:222: RuntimeWarning: compiletime version 3.6 of module 'tensorflow.python.framework.fast_tensor_util' does not match runtime version 3.5 ## return f(*args, **kwds) import numpy as np from tensorflow import keras 2.

使用 R 分析可视化你的 iPhone 健康 APP 数据

Apr 4, 2019

介绍 iPhone 的 health APP 存储着我们的私人健康数据, 这里有一篇帖子是用 Python 分析 health APP 的数据Apple Health Data How to Export Analyze Visualize Guide - ryanpraski.com , 而我更喜欢 R 的版本. 让我们赶紧开始吧!! 首先获取数据并读取从你的 health APP 应用中导出数据在 R 中读取数据加载包并读入数据 library(XML) library(tidyverse) library(lubridate) library(scales) library(here) library(ggthemes) xml <- xmlParse(here("data/apple_health_export/export.xml")) summary(xml) ## $nameCounts ## ## Record ExportDate HealthData Me Workout ## 90037 1 1 1 1 ## ## $numNodes ## [1] 90041 Record 是我的主要数据, 有 90,037 条

如何阅读大量的学术论文, 而不发疯？

数学

综述

略读

精读

做好项目管理和规划

Jixing Liu